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如何使用NCBI進行blast比對

NCBI的blast功能你了解多少?

BLAST是生命科學研究中常用的一套在蛋白質數據庫或核酸數據庫中進行序列相似性比對的一套分析工具。英文全稱是Basic?Local?Alignment?Search?Tool。NCBI作為生命科學研究領域使用最為廣泛的數據庫之一,深受廣大科研工作者青睞。今天,小編就給大家簡單介紹一下NCBI上的blast比對。

NCBI上的blast分為四種:Nucleotide BLAST:核酸比核酸;blastx:核酸比蛋白;blastn:蛋白比核酸;Protein BLAST:蛋白比蛋白。

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在這里小編以Nucleotide BLAST的操作為例,演示一下如何進行序列比對。點擊上圖中“Nucleotide BLAST”,打開比對界面,粘貼或者上傳需要比對的序列,選擇數據庫、填入物種,調整各個參數(一般默認即可),點擊BLAST進行比對。需要注意的是,在參數調整時,E值是最重要的參數,可以根據情況進行適當的調整。

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比對之后,就可以查看比對結果了。這里小編以小鼠為例,為大家簡單介紹一下比對結果。提交BLAST比對之后,稍等片刻(時間可長可短,與提交的序列有關),即可得到如下的比對結果頁面。

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在查看比對結果時,E值以及Score值最重要,E值越小、Score值越大,則比對結果越可靠。
Graphic summary界面下,每一條線段代表一個比對結果,鼠標點擊會有相應的比對信息。

attachments-2020-03-C2sDg2185e747d6f44173.pngAlignments界面下,有每一個比對結果的多序列比對結果展示。點擊“Download”可以下載比對結果,也可以點擊“gene bank”了解比對結果的詳細信息。

attachments-2020-03-k4GjfAcj5e747d7fde1ac.pngTaxonomy界面主要告訴我們所比對的序列在分類學上是什么物種。

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到這里,比對結果就展示完了。但是,如果您還不理解某些參數的具體含義,也不要緊。NCBI也有對BLAST的官方說明,具體可以參考“BLAST topics”,網址如下:

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總的來說,技巧雖小,但操作不易,每一步都有各種參數需要調整。在實際分析中要學會因地制宜、因時制宜,根據不同的情況選擇不同的參數,這樣才能得到最好的結果。每一個數據庫或者軟件都有說明文檔,在不知道如何操作時,要懂得尋求“help”,要有不怕出錯的耐心和毅力。另外,我們組學大講堂還有更多的生信分析技巧,具體可以掃描下方二維碼進行選擇學習。

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  • 發表于 2020-03-20 16:26
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  • 分類:軟件工具

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生信老頑童
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