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CIBERSORT R代碼分析

CIBERSORT R代碼分析
在R語言中運行Cibersort共需要三個文件,分別是(1)官方提供的22種細胞基因集“LM22.txt”;(2)自己的表達矩陣;(3)Cibersort代碼。

(1)LM22.txt獲取方法:

在Cibersort論文中(http://www.nature.com/articles/nmeth.3337#MOESM207)下載Supplementry table 1

attachments-2021-05-i880bs85609ceb4506154.png




LM22.txt獲取方法
刪除Sheet 1 中表頭,只保留矩陣部分。得到如下矩陣,另存為制表符分割的txt(“LM22.txt”)

attachments-2021-05-DBFQISfo609ceb5252e06.png



(2)自己的表達矩陣

第一列是基因名,第一行是樣品名,不能有重復基因名,第一列列名不能空白。矩陣中不能存在空白或NA值,不要對表達量取Log2.

如果表達矩陣中基因不能完全覆蓋LM22.txt中的基因,Cibersort同樣可以正常運行,但不能少于LM22.txt中所需基因的一半。

表達矩陣保存為制表符分割的txt文本(“DATA.txt”)


attachments-2021-05-P9veDRAB609cebdc8088c.png


表達矩陣示例
(3)Cibersort代碼

在R中新建R Script,復制以下網址中代碼,保存為“Cibersort.R”

http://rdrr.io/github/singha53/amritr/src/R/supportFunc_cibersort.R

(4)以上三個文件需保存在同一文件夾,運行Cibersort的代碼如下:

setwd("三個文件的文件夾")

source('Cibersort.R')

result1 <- CIBERSORT('LM22.txt','DATA.txt', perm = 1000, QN = T)? #perm置換次數=1000,QN分位數歸一化=TRUE

在同一文件夾下可以得到運算結果("CIBERSORT-Results.txt")

注意Cibersort結果的默認文件名為CIBERSORT-Results.txt,在同一文件夾下進行第二次運算會覆蓋第一次得到的文件,建議在每一次運算之后對文件重命名。



  • 發表于 2021-05-13 17:18
  • 閱讀 ( 3022 )
  • 分類:臨床醫學

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