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pRRophetic包預測藥物敏感性

pRRophetic包預測藥物敏感性

Github說明:

pRRophetic包是一個比較古老的R包,主要用途就是從基因表達數據預測表型(即使用癌癥基因組計劃CGP細胞系數據預測臨床結果),預測外部細胞系(CCLE)的藥物敏感性,也可用于臨床數據的預測。

這個包不能在Rstudio直接安裝,需要外部下載壓縮包之后導進R。包可以從下載,下載完成后首先要在R中安裝他的依賴包

BiocManager::install(c('sva', 'car', 'genefilter', 'preprocessCore', 'ridge'))

之后運行下面這條命令進行安裝pRRophetic包

install.packages("pRRophetic_0.5.tar.gz", repos = NULL, dependencies = TRUE)

從CPG細胞系預測臨床結果

根據基因表達譜數據進行預測患者化療效果,基因表達譜數據中行名為基因名,并且數據為matrix矩陣

predictedType<-pRRopheticPredict(exp,"Axitinib",selection = 1)  #以Axitinib為例,預測患者對Axitinib的敏感性

之后會獲得每個患者對Axitinib敏感性,后續可結合樣本的分組進行檢驗,觀察基于該藥物敏感性的組間差異

  • 發表于 2021-09-17 16:57
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  • 分類:R

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