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cytoscape-cytoHubba插件的安裝與使用

cytoscape-cytoHubba插件的安裝與使用

一、cytoHubba插件

1.利用cytoHubba插件通過拓撲網絡算法給每個基因賦值,排序挖掘關鍵基因(hub gene)和子網絡

    • cytoHubba根據nodes在網絡中的屬性進行排名。它提供了11種拓撲分析方法,包括:
      • Degree
      • Edge Percolated component
      • Maximum neighborhood component
      • Density of Maximum Neighborhood Component
      • Maximal Clique Centrality
      • six centralities(Botteleneck,EcCentricity,Closeness,Radiality,Betweenness, Stress)

2.插件下載與安裝

在cytoscape App Store(鏈接:)中搜索cytoHubba插件,進行download

點擊Apps-App Manager,點擊install from file

attachments-2021-10-YkxuQWVj617226f5d6324.png找到cytoHubba的存放路徑,打開之后就安裝好了

3.cytoHubba插件使用

打開cytoscape導入網絡之后,在Apps點擊cytoHubba

1、首先選擇左邊的cytoHubba進入工作頁面

2、選target network擇待分析的網絡

3、點擊calculate

4、點擊Top,可根據自身課題需要,調整提取關鍵基因的數量

5、下方Closeness可下拉選擇計算方法

6、Particular nodes:選擇感興趣的基因進行分析(一般是對整個網絡分析的話,此項可以忽略)

5、點擊左下方:顯示最短的路徑;顯示出hub gene連接到的第一個節點;顯示出最長的子網絡)

6、右邊的列表就顯示關鍵基因的排名:顏色越深,證明分數越高,越顯著

attachments-2021-10-XCJ3sh4E617229891afc3.png



  • 發表于 2021-10-22 11:06
  • 閱讀 ( 6347 )
  • 分類:軟件工具

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