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如何預測蛋白質保守結構域?-InterPro在線工具使用詳解

Domain-結構域分析是研究蛋白功能時不可或缺的分析項,那么如何去預測蛋白的保守結構域呢?以前我們給大家分享過NCBI提供的CD-search工具的使用,詳情請點擊鏈接學習:如何正確預測基因的保守結...

Domain-結構域分析是研究蛋白功能時不可或缺的分析項,那么如何去預測蛋白的保守結構域呢?以前我們給大家分享過NCBI提供的CD-search工具的使用,詳情請點擊鏈接學習:今天我們再給大家介紹一款非常好用的保守結構域預測在線工具,非常適合零基礎學員操作,下面我們一起來揭開它的神秘面紗-InterPro。

InterPro簡介

InterPro是集成的蛋白質結構域和功能位點數據庫,包含關于蛋白質家族、域、重復序列、和作用位點等數據資源,同時,InterPro也包含很多來自不同數據庫的診斷簽名的人工注釋文件,形成了一個給定的蛋白質家族、結構域和功能位點的獨特描述。

Interpro數據庫成員包括Coils 、Gene3D、Pfam、PRINTS、ProSitePatterns、ProSiteProfiles、SMART、SUPERFAMILY、 TIGRFAM、ProDom、PIR 數據庫,每兩個月更新一次,是非常好用的蛋白序列功能注釋數據庫。

網址:http://www.ebi.ac.uk/interpro/ ,主頁如下:

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InterPro的使用

InterPro在線工具可以通過3種形式提交數據,如下:

attachments-2022-01-BfHFPI4z61e816948cbed.png1. 序列提交:將蛋白序列粘貼到文本框或者用文本文件提交,點擊search即可進行分析。

attachments-2022-01-UYm12u7661e816bdce66e.png2. 蛋白ID等提交:by text選項可以提交多種形式的ID或者關鍵詞,如下圖紅框,可以是蛋白ID、GO term ID、關鍵詞等。
attachments-2022-01-PdsgTHv161e816dcedc93.png3. 按結構域查找:點擊Add Domain to include按鈕,填寫結構域Pfam ID,即可查詢Pfam數據庫中含該結構域的蛋白,并且還可以通過點擊Add Domain to exclude按鈕,添加不包含某結構域條件進行快速篩選。

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結果展示

InterPro結果展示很簡潔,如下圖,Overview選項下,結構域種類及位置一目了然,將鼠標放置在結構域彩色條上會展示更加詳細的信息,除了展示結構域信息外還有GO注釋信息。

attachments-2022-01-fPhajL8461e81721afa7f.png點擊Entries選項,這里會更加突出地展示結構域信息,并且可以選擇比對數據庫,有選擇性展示結構域信息。

attachments-2022-01-0oQOkzQP61e8174dcf0f8.png假如想看匹配到的結構域的具體序列,可以在Overview選項下,點擊Export,選擇GFF格式,根據結構域位置信息查看具體序列。

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  • 發表于 2022-01-19 21:53
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  • 分類:軟件工具

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