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Uniprot蛋白數據庫介紹及使用詳解!

Uniprot數據庫是資源最廣、信息最豐富的蛋白質數據庫,是查詢蛋白功能的首選數據庫。Uniprot數據庫由Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大子數據庫構成,數據主要來自于各物種基因組測序完成后得到...

Uniprot數據庫是資源最廣、信息最豐富的蛋白質數據庫,是查詢蛋白功能的首選數據庫。Uniprot數據庫由Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大子數據庫構成,數據主要來自于各物種基因組測序完成后得到的全基因蛋白質序列,并包含了很多來自文獻中的蛋白及其功能信息。尤其是swiss-prot 子數據庫,庫中蛋白質信息都是手工核對過的 ,非冗余, 有詳細注釋信息的蛋白數據。作為一名科研工作者,Uniprot數據庫的使用技能應該是必備的技能之一。

Uniprot數據庫簡介

Uniprot 數據庫包含蛋白質序列,功能信息,研究論文索引等信息,整合了包括EBI( European Bioinformatics Institute)、SIB(the Swiss Institute of Bioinformatics)、PIR(Protein Information Resource)三大數據庫的資源。

EBI( European Bioinformatics Institute):

歐洲生物信息學研究所(EMBL-EBI)是歐洲生命科學旗艦實驗室EMBL的一部分。位于英國劍橋欣克斯頓的惠康基因組校內,是世界上基因組學領域最強的存在之一。

SIB(the Swiss Institute of Bioinformatics):

瑞士日內瓦的SIB維護著ExPASy(專家蛋白質分析系統)服務器,這里包含有蛋白質組學工具和數據庫的主要資源。

PIR(Protein Information Resource):

PIR是美國國家生物醫學研究基金會(NBRF)于1984年創立,旨在協助研究人員識別和解釋蛋白質序列信息。

Uniprot數據庫主要子數據庫組成:

attachments-2022-01-SRczBW3861e81e56464f1.jpg以上子數據庫間的關系如下:uniprot會收集EMBL,GenBank,DDBJ等公共數據庫中的蛋白質序列及功能信息等原始數據,處理后存入UniParc的非冗余蛋白質序列數據庫;UniPrc作為數據倉庫,再分別給UniProtKB,Proteomes,UNIRef提供可靠的數據集,其中在UniProtKB數據庫中Swiss-Prot是由TrEMBL經過手動注釋后得到的高質量非冗余數據庫,也是我們最常用的蛋白質數據庫之一。

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Uniprot數據庫官方鏈接:http://www.uniprot.org/

Uniprot數據的使用

1. 單個蛋白質信息查詢

下圖是Uniprot官方網站首頁,在UniprotKB欄輸入蛋白ID或Accession number,然后點擊search,就可以查詢蛋白功能。

attachments-2022-01-YGVtqCZl61e81ea429002.jpg我們以高粱基因SORBI_3008G150300為例,搜索其在Uniprot數據庫中的信息,如下圖,頁面默認顯示Entry模式,頁面顯示內容包括:蛋白名稱、物種來源、GO功能注釋、亞細胞定位、組織特異性表達情況、互作蛋白、Domain、序列信息、同源蛋白以及其他數據鏈接等信息。

attachments-2022-01-HAtC6ZbE61e81ec68d724.jpg點擊Display下Publications模式,數據庫會展示處該蛋白涉及的收錄的文章。

attachments-2022-01-pPqll69v61e81ee500032.jpg點擊Display下Feature viewer模式,數據庫會圖形展示結構域與序列信息。

attachments-2022-01-2dDAG7f161e81efe7e487.jpg點擊Display下Feature table模式,數據庫會展示結構域位置、分子量、序列長度等基本信息。

attachments-2022-01-KijgShqv61e81f1a7f8e4.jpg

2. 批量蛋白質信息查詢

假如需要查詢的蛋白較多,則可以通過點擊首行任務欄Retrieve/ID mapping,如下圖,查詢蛋白列表可直接粘貼在下圖1. Provide your identifiers文本框中,也可以將蛋白ID單列粘貼于TXT文本中提交到網站。另外該頁面2. Select options 還可提供ID轉換功能,支持多種數據庫間的ID轉換。

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提交好蛋白列表后,點擊Submit,網站便會自動分析,結果展現形式如下:

展示信息包括:蛋白對應的基因名、蛋白描述、序列長度等信息。

attachments-2022-01-zqK3YEEs61e81f5021de2.jpg點擊Column按鈕,可以選擇需要展示的數據庫信息,如GO、pathway、亞細胞定位等注釋信息,如下圖,選擇完畢后點擊save保存設置,系統會自動跳轉至信息展示頁面。

attachments-2022-01-XulEs2xj61e81f6abe869.jpg最終結果展示如下圖,勾選感興趣的蛋白,即可將本次注釋結果下載到本地查看,并且支持包括Excel格式在內的多種文本格式。

attachments-2022-01-gFsdSvo961e81f8033147.jpg好了,今天Uniprot數據庫的使用就介紹到這里,希望對您的科研有所幫助!

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  • 發表于 2022-01-19 22:26
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