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2022年最新2區純轉錄組文章如何寫作?

純轉錄組發文章現在是越來越難了,這是真的嗎?我有一個朋友人家可不這么認為,只要思路對,純轉錄組2區文章也能發!而且還沒那么難!真是不同人不同命,你看起來難上難,人家卻信手拈來,今天...

純轉錄組發文章現在是越來越難了,這是真的嗎?我有一個朋友人家可不這么認為,只要思路對,純轉錄組2區文章也能發!而且還沒那么難!

真是不同人不同命,你看起來難上難,人家卻信手拈來,今天我就給大家轉介下這位能人的秘籍!

今天還是借網上一篇典型最新的2區轉錄組文章為例子,將我朋友的主要觀點紹給大家。這篇文章是4月12日發表在2區期刊BMC PLANT BIOLOGY上的。

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這篇文章研究的是哈密瓜果實在成熟期理化特性的變化,并通過轉錄組測序分析鎖定了數個與哈密瓜成熟相關的基因,為哈密瓜果實特征發育的分子機制提供新的見解。

文章內容

1. 哈密瓜果實成熟期理化特性的變化

作者觀察了2個品種(廣西當地品種桂蜜12和普通品種耀龍)哈密瓜不同發育階段(授粉后5、10、15、20、25、30、35 和 40 天)的果實特性,包括果皮顏色、果形、果肉顏色、重量、大小和可溶性糖含量,重點關注重量、大小和可溶性糖含量3個指標。

朋友告訴我,性狀差異最好用圖展示,尤其宏觀性狀盡量要有比對照片,不過這個一點往往是大部分人經常忽略的。

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2. RNA-Seq數據整體分析

作者取2個品種哈密瓜授粉后10、20、30和40天的果實用于轉錄組測序,每個樣品設置3個生物學重復,在這部分數據介紹時依然是傳統套路,整體比較不同品種間或不同發育階段間的差異表達基因數及基因功能注釋差異。

時間倒退六七年,寫到這里再做個qPCR就可以發文章,不過現在可不行了,繼續看看作者如何行文。

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3. 哈密瓜果實成熟過程中基因表達時間序列聚類分析

為了進一步了解果實發育過程中基因表達的變化,作者對2種哈密瓜中差異基因按照時間序列進行聚類分析,并進一步分別對上調和下調基因集進行Go和KEGG富集分析。

這個按時間序列對差異基因聚類分析也是轉錄組標準分析內容,但是小伙伴們利用的不多,今天學習一下吧。

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4. 哈密瓜果實成熟過程中細胞壁生物發生分析

細胞壁生物發生與與果實發育密切相關,所以作者接下來將關注點進一步細化,分析了與細胞壁生物發生的差異基因在2個品種哈密瓜轉錄組中的表達模式。

細胞壁生物發生對應果實重量、大小表型,是對該表型相關基因縱向深入的分析。

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5. 哈密瓜果實成熟中糖代謝分析

糖代謝直接影響哈密瓜可溶性糖含量這一重要指標,所以作者著重分析了不同發育階段中與糖代謝相關的基因的表達模式。

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總結

以上就是這篇4.2分2區文章的全部分析內容,看了之后有何感想?我咋感覺內容這么少呢?相比其他的二區文章,這篇文章內容確實不多,不過人家確實發表了!別的不論,咱們只看這篇文章的可取之處。

  1. 對關注性狀描述較多,有照片,有數據分析,這點很重要,卻往往被人忽略。

  2. 表型性狀與相關基因分析前后呼應,前面有果實重量、大小和可溶性糖含量數據分析,后面就細致地分析與細胞壁代謝和糖代謝相關基因表達模式進行分析。

  3. 轉錄組數據分析有整體介紹,更有深入地分析具體功能基因,這一點更是重要,泛泛地介紹轉錄組結果發文章時代早就過去了。

所以這篇文章看起來比較短小,但是結構卻是相當緊湊,值得參考!由于篇幅所限,更多細致內容請下載原文查看。

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  • 發表于 2022-04-20 14:29
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  • 分類:文獻解讀

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紅橙子
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