免费JIZZ大全

seurat_sc_cluster.r 腳本使用幫助:

seurat_sc_cluster.r 腳本使用幫助:
$Rscript scripts/seurat_sc_qc.r -h

usage: scripts/seurat_sc_qc.r [-h] [-i count] [--sep sep] [-d data.dir]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--gene.column gene.column] [--rds rds]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--project project]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--metadata.col.name? metadata.col.name [metadata.col.name ...]]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--metadata.value? metadata.value [metadata.value ...]]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--metadata metadata] [--nGene.max nGene.max]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--nGene.min nGene.min] [--nUMI.min nUMI.min]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--nUMI.max nGene.max] [--min.cells min.cells]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--percent_mito percent_mito]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--mito.gene.pattern mito.gene.pattern]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--percent_hb percent_hb]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--hb.gene.pattern hb.gene.pattern]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--percent_ribo percent_ribo]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--ribo.gene.pattern ribo.gene.pattern]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--percent_pt percent_pt]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--pt.gene.pattern pt.gene.pattern]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--downsample downsample]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--legend.position legend.position [legend.position ...]]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [--group.by group.by] [-H height] [-W width]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [-o outdir] [-p prefix]
Seurat single cell qc analysis : http://nbisweden.github.io/workshop-
scRNAseq/labs/compiled/seurat/seurat_07_spatial.html
optional arguments:
? -h, --help? ? ? ? ? ? show this help message and exit
? -i count, --count count
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? input read count file , csv or tsv format[ optional]
? --sep sep? ? ? ? ? ? ?the field separator character for count file; Values
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? on each line of thefile are separated by this
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? character. If ‘sep = ""’ (the default for
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ‘read.table’) the separator is ‘white space’,that is
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? one or more spaces, tabs, newlines or carriage
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? returns.[default tab]
? -d data.dir, --data.dir data.dir
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? input read count from 10X cellranger
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? filtered.feature.bc.matrix.dir [optional]
? --gene.column gene.column
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Specify which column of genes.tsv or features.tsv to
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? use for gene names when 10X cellranger data; default
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? is 2 [optional default 2]
? --rds rds? ? ? ? ? ? ?input seurat rds format[ optional]
? --project project? ? ?Project name for the ‘Seurat’ object [default
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? SeuratProject]
? --metadata.col.name? metadata.col.name [metadata.col.name ...]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? column name for meta data . [default None]
? --metadata.value? metadata.value [metadata.value ...]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? column value for meta data. [default None]
? --metadata metadata? ?metadata table file to add metadata , must tsv format.
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [default None]
? --nGene.max nGene.max
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? filter cells that detect genes more than this value
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [default None]
? --nGene.min nGene.min
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? filter cells that detect genes less than this value
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [default 200]
? --nUMI.min nUMI.min? ?filter cells that detect nUMI less than this value
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [default None]
? --nUMI.max nGene.max? filter cells that detect nUMI more than this value
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [default None]
? --min.cells min.cells
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Include genes detected in at least this many cells.
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Will subset the counts matrix as well. To reintroduce
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? excluded genes, create a new object with a lower
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? cutoff. [default 3]
? --percent_mito percent_mito
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Filters cells with mitochondrial gene content greater
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? than this value, [0-100] [default None]
? --mito.gene.pattern mito.gene.pattern
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? A regex pattern to match features against
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? mitochondrial gene ID [default " ^MT.*-] "
? --percent_hb percent_hb
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Filters cells with hemoglobin (hb) gene content
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? greater than this value, [0-100] [default None]
? --hb.gene.pattern hb.gene.pattern
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? A regex pattern to match features against hemoglobin
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? gene ID [default " ^HB[^(P)]]"
? --percent_ribo percent_ribo
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Filters cells with ribosomal (ribo) gene content
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? greater than this value, [0-100] [default None]
? --ribo.gene.pattern ribo.gene.pattern
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? A regex pattern to match features against ribosomal
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? (ribo) gene ID [default " ^RP[SL]]"
? --percent_pt percent_pt
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Filters cells with mitochondrial gene content greater
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? than this value, [0-100] [default None]
? --pt.gene.pattern pt.gene.pattern
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? A regex pattern to match features against chloroplast
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? (pt) gene ID [default None]
? --downsample downsample
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? subset cells numbers for analysis [default None]
? --legend.position legend.position [legend.position ...]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? the position of legends ("none", "left", "right",
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? "bottom", "top", or two-element numeric
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? vector)[default none]
? --group.by group.by? ?group color column name in metadata [default None]
? -H height, --height height
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? the height of pic inches [default 4]
? -W width, --width width
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? the width of pic inches [default 4]
? -o outdir, --outdir outdir
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? output file directory [default
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? /share/nas5/huangls/test/10X.sc.test/pbmc]
? -p prefix, --prefix prefix
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? out file name prefix [default demo]

  • 發表于 2022-04-29 11:08
  • 閱讀 ( 298 )
  • 分類:R

你可能感興趣的文章

相關問題

0 條評論

請先 登錄 后評論
omicsgene
omicsgene

生物信息

560 篇文章

作家榜 ?

  1. omicsgene 560 文章
  2. 安生水 257 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女學霸 120 文章
  5. 紅橙子 78 文章
  6. CORNERSTONE 72 文章
  7. 生信老頑童 50 文章
  8. landy 37 文章