免费JIZZ大全

seurat_sc_cluster.r 使用幫助:

seurat_sc_cluster.r 使用幫助:
$Rscript scripts/seurat_sc_cluster.r -h
usage: scripts/seurat_sc_cluster.r [-h] -i filepath [-d dim]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?[--resolution resolution [resolution ...]]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?[--umap.method umap.method]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?[--tsne.method tsne.method]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?[--high.variable.genes high.variable.genes]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?[--vars.to.regress vars.to.regress [vars.to.regress ...]]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?[--sctransform]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?[--integrate.method integrate.method]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?[--integration.reduction integration.reduction]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?[--k.anchor k.anchor] [-b batch.id]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?[--downsample downsample]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?[--pt.size pt.size] [-H height] [-W width]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?[-o path] [-p prefix]
Seurat single cell analysis : http://nbisweden.github.io/workshop-
scRNAseq/labs/compiled/seurat/seurat_07_spatial.html
optional arguments:
? -h, --help? ? ? ? ? ? show this help message and exit
? -i filepath, --rds filepath
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? input single Seurat obj in rds file [default NULL]
? -d dim, --dim dim? ? ?set pca dim number to find cluster [default 20]
? --resolution resolution [resolution ...]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? set resolution parameters [default 0.5]
? --umap.method umap.method
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? UMAP implementation to run. Can be uwot:Runs umap via
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? the uwot R package; uwot-learn:Runs umap via the uwot
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? R package and return the learned umap model;umap-
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? learn:Run the Seurat wrapper of the python umap-learn
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? package [default uwot]
? --tsne.method tsne.method
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Select the method to use to compute the tSNE.
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Available methods are:Rtsne: Use the Rtsne package
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Barnes-Hut implementation of tSNE (default) ;FIt-SNE:
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Use the FFT-accelerated Interpolation-based t-SNE.
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Based on Kluger Lab code found here:
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? http://github.com/KlugerLab/FIt-SNE [default Rtsne]
? --high.variable.genes high.variable.genes
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? highly variable gene number through the
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? FindVariableFeatures function (identify variable
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? features based on the variance stabilization
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? transformation (“vst”)) [default 3000]
? --vars.to.regress vars.to.regress [vars.to.regress ...]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Variables to regress out in ScaleData function
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? (previously latent.vars in RegressOut). For example,
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? nUMI, or percent.mito. [default None]
? --sctransform? ? ? ? ?If set, use SCTransform normalization [optional,
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? default: False]
? --integrate.method integrate.method
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? set integrated method , harmony or seuratIntegration
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [default None]
? --integration.reduction integration.reduction
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Dimensional reduction to perform when finding anchors
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? for seuratIntegration method. Can be one of:
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? cca,rpca,rlsi [default cca]
? --k.anchor k.anchor? ?You can increase the strength of alignment by
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? increasing the k.anchor parameter, which is set to 5
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? by default. Increasing this parameter to 20 will
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? assist in aligning these populations [default 5]
? -b batch.id, --batch.id batch.id
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? set batch column name in meta data for integrated
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [default None]
? --downsample downsample
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? subset cells numbers for analysis [default None]
? --pt.size pt.size? ? ?the point size [default 1]
? -H height, --height height
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? the height of pic inches [default 7]
? -W width, --width width
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? the width of pic inches [default 6]
? -o path, --outdir path
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? output file directory [default
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? /share/nas5/huangls/test/10X.sc.test/pbmc]
? -p prefix, --prefix prefix
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? out file name prefix [default demo]

  • 發表于 2022-04-29 11:10
  • 閱讀 ( 265 )
  • 分類:R

你可能感興趣的文章

相關問題

0 條評論

請先 登錄 后評論
omicsgene
omicsgene

生物信息

559 篇文章

作家榜 ?

  1. omicsgene 559 文章
  2. 安生水 256 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女學霸 120 文章
  5. 紅橙子 78 文章
  6. CORNERSTONE 72 文章
  7. 生信老頑童 50 文章
  8. landy 37 文章